Pengadilan Agama Wangi Wangi merupakan salah satu dari 85 Pengadilan baru yang dibentuk berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 13 Tahun 2016 dan mulai beroperasi pada tanggal 6 Nopember 2018,  ketua pertama Pengadilan Agama Wangi Wangi dipimpin oleh H. Abdul Muhadi, S.Ag.,MH. dalam beroperasinya kantor pertama yang diberikan saat ini masih menggunakan gedung Balai Desa Liya Bahari Indah sebagaimana Perjanjian pinjam pakai Aseta Tanah/Bangunan/Ruangan Kantor Desa Liya Bahari Indah Nomor W21-A8/32/PL.01/XI/2018 dan Nomor 145/308/XI/2018 tanggal 22 November 2018, dalam perjalanannya Pengadilan Agama Wangi Wangi telah melakukan perbaikan-perbaikan, baik birokrasi penerimaan perkara, pengolahan/penanganan administrasi keperkaraan, dan pengolahan/penanganan administrasi umum yang salah satunya melalui sistem SIPP (Sistem Informasi Penelusuran Perkara) yang dipelopori oleh Direktorat Jenderal Badan Peradilan Agama Mahkamah Agung RI dengan menggunakan teknologi tinggi. Hal tersebut merupakan wujud reformasi birokrasi menuju electronic-governance yang lebih dikenal dengan e-governance.

Tantangan dan volume pekerjaan yang semakin meningkat, khususnya dalam penerimaan perkara yang telah berjumlah 10 Perkara pada tahun 2018, telah menuntut dilakukannya reformasi birokrasi keperkaraan, pengawasan internal bagi para pejabat Pengadilan Agama Wangi Wangi, pendidikan dan pelatihan, pembinaan karir serta penggunaan anggaran tepat sasaran yang kemudian dituangkan dalam Rencana Strategis dan Program Kerja Pengadilan Agama Wangi Wangi, menjadi indikasi penting untuk mengukur keberhasilan kerja seluruh jajaran pejabat struktural-fungsional serta seluruh pegawai Pengadilan Agama Wangi Wangi.